联合国环境署于１９８８年１１月召开生物多样性特设专家工作组会议，探讨一项生物多样性国际公约的必要性。１９８９年年５月建立了技术和法律特设专家工作组，拟订一个保护和可持续利用生物多样性的国际法律文书。到１９９１年２月，该特设工作组被称为政府间谈判委员会。１９９２年５月内罗毕会议通过了《生物多样性公约协议文本》。《公约》于１９９２年６月５日联合国环境与发展大会期间开放签字，并于１９９３年１２月２９日生效。缔约国第一次会议１９９４年１１月在巴哈马召开，会议建议１２月２９日即《公约》生效的日子为“国际生物多样性日”（International Day for Biological Diversity）。同时，联大敦促联合国秘书长和联合国环境规划署执行主任，从各个方面采取必要措施，以期确保国际生物多样性日活动的连续如期举行。
２００１年５月１７日，根据第５５届联合国大会第２０１号决议，国际生物多样性日改为每年５月２２日。